迄今我國牛乳所用之殺菌方法有三種;
一、低溫長時間殺菌法(L.T.L.T.):62-65℃保持30分鐘。
二、高溫短時間殺菌法(H.T.S.T.):72-75℃保持15秒,國內少數工廠採用,但廣告業者誇大宣稱為「低溫」這與生乳的殺菌法理定義不符。
三、超高溫滅菌法(U.H.T.):120-140℃保持0.5-4秒,市面超市所販售之鮮乳大剖分採用此方式殺菌。
殺菌方式對牛奶的影響最大的不同在牛奶的風味。 攝氏120度以上的超高溫瞬間殺菌,喝起來較有奶香;65度的低溫長時間殺菌,感覺較原味。加熱對牛奶中營養影響最大的就是水溶性維生素和蛋白質。在加熱 過程中,大約有10%的維生素B群和25%的維生素C流失;加熱程度越深,營養損失就越多。相較於「超高溫滅菌」,「高溫短時間殺菌」及「低溫長時間殺 菌」保留了生乳中較多的機能性成份如免疫球蛋白(immunoglobulin)、乳鐵蛋白(lactoferrin)及維生素也更保持牛乳新鮮自然的原始風味。
生乳中有 20%為不耐熱的乳清蛋白,而其中之免疫球蛋白成分,具有調節人體免疫、抑制病原菌 及破壞輪狀病毒功效。乳鐵蛋白可吸附 2個鐵離子,具有增加鐵質吸收、靜菌效果、抗菌作用、抗氧化、細胞增殖等功能,較牛乳中其他蛋白質不易在胃部受到分解。經過高溫殺菌後,牛奶中蛋白質的三級結構遭破壞,影響蛋白質的生理功能。

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